澳门大学横琴校区是在2009年6月，中央批准澳门大学在广东省珠海市横琴岛上建设新校区，并授权特别行政区政府在新校区内实施澳门法律和行政体系。新校区于2013年11月5日正式启用，并依照澳门法律实施管辖。

澳门大学横琴校区得到了中央人民政府与澳门特别行政区政府的高度重视，新校区的建成，揭开了“一国两制”的新篇章。澳门大学横琴校区的建立，成为澳门大学向“世界一流大学”迈进的重要里程碑。

澳门大学横琴校区由大中华地区建筑设计领军人物，2010年上海世博会中国馆总设计师何镜堂院士主持总体设计。整体规划强调“以人为本”、“可持续发展”、“现代化、信息化”、“园林式布局”、“揉合中西文化”五个设计原则和理念。

澳门大学横琴校区落成之后，全面推行住宿式书院制度，至今已建立了10所书院，包括曹光彪书院、郑裕彤书院、张昆仑书院、蔡继有书院、霍英东珍禧书院、吕志和书院、马万祺罗柏心书院、满珍纪念书院、绍邦书院及何鸿燊东亚书院。

澳门大学横琴校区设3个开放式科研基地，主要研究医药、电子及资讯科技，以及能源环保。另外，一些跨学科的新研究领域也会着力发展，并将科研成果进行技术转移及创新产业孵化。这些科研基地，将能促成澳大、澳门其他大学、珠三角以至全国各地的大学在此地的合作研究，也为粤澳合作及澳门经济适度多元化创造契机。